Titre : DEVELOPPEMENT D’UNE METHODE DE PCR EN TEMPS REEL AFIN DE DETECTER ET DE QUANTIFIER VERTICILLIUM DAHLIAE DANS LE SOL
Title : DEVELOPPEMENT OF A REAL TIME PCR METHOD TO DETECT AND QUANTIFY VERTICILLIUM DAHLIAE IN SOIL
Auteur(s) : D. PAUMIER, C. PIERREPACK, G. GAZEAU, R.VALADE (Arvalis - Institut du Végétal)
Evénement : CIMA
Numéro : 11
Année : 2015
Numéro de page : 109
Nombre de pages : 11
Résumé : La verticilliose du lin est une maladie tellurique provoquée par le champignon Verticillium dahliae, dont les symptômes spécifiques apparaissent tardivement. Il n’existe pas de traitements fongicides ni de variétés tolérantes à cette maladie. Le champignon se conservant dans le sol sous forme de microsclérotes, un test moléculaire prédictif du risque verticilliose d’une parcelle peut être envisagé. Cette étude se propose de développer une méthode de quantification par qPCR spécifique de V. dahliae. La présence potentielle dans les sols d’un champignon diploïde, non pathogène du lin et hybride de V. dahliae, V. longisporum, a nécessité la mise au point de deux couples d’amorces et de sondes, placés sur l’allèle spécique de V. longisporum d’une part, et sur l’allèle commun aux deux champignons d’autre part. Le dosage de V. dahliae s’effectue par soustraction des signaux. La méthode développée est fiable et pourrait permettre de quantifier le potentiel infectieux des sols et ainsi proposer des préconisations limitant le risque verticilliose.
Mots-clés : Verticillium dahliae, lin, PCR en temps réel, sol
Abstract : Verticilium wilt of flax is a telluric disease caused by the fungus Verticillium dahliae. Specific symptoms can be observed only at a very late stage and there isn’t any fungicide treatment nor tolerant varieties to this disease. The fungus is preserved as microsclerotia into the soils. A predictive molecular test can be developed to assess the Verticillium wilt risk in a plot of flax. The purpose of the present work is the development of a specific real time PCR method for V. dahliae. Because of the possible co-existence of an hybrid diploid fungus into the soils, V. longisporum, that is not flax pathogenic, it has been necessary to set two pairs of primers and probes. One set of them is specifically used to quantify V. longisporum, while the other focuses on the common allele of both fungi. Then the quantification of V. dahliae is obtained by substracting the two signals. The developed method is accurate and could permit to quantify infectious potential of soils and so propose preconisations to control wilt of flax
Keywords : Verticillium dahliae, flax, real time PCR, soil
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